Si las frutas de calabaza se van a almacenar, estas deben estar maduras y libres de heridas o pudrición. De lo contrario, van a tolerar pocos días en almacenamiento. Es importante el haberlas manejado previamente con cuidado, ya que en ocasiones los daños mecánicos que sufren son inicialmente imperceptibles a simple vista.
Estos daños luego proveen una entrada fácil a organismos patógenos, que posteriormente pueden causar pudrición en la fruta o enfermedades al consumidor. Ya sea un almacenamiento bajo condiciones de ambiente o de refrigeración, es importante contar con una buena ventilación que permita la circulación de aire alrededor de las frutas.
Si estas se van a mantener dentro de cajones grandes (field bins) de madera o plástico, los mismos deben tener aperturas de ventilación para facilitar la remoción del exceso de humedad y calor alrededor de las frutas. Por ser las frutas un tejido vivo, el proceso natural de respiración en ellas continúa y como resultado del mismo estas liberan calor de respiración (heat of respiration). Utilizando como ejemplo el caso del ‘Butternut squash’ (calabacín de invierno de la misma especie que nuestra calabaza), frutas con una temperatura interna de 77º F (25º C) generan calor de respiración de forma continua a razón de 13,200 a 26,400 BTU/tonelada/día. Mientras más alta la temperatura interna de las frutas, mayor será el calor de respiración que ellas estarán generando de forma continua. Por otro lado, al bajarle su temperatura se reduce su razón de respiración y el calor de respiración resultante de la misma.
En algunas ocasiones, la calabaza se ha podido almacenar hasta por dos o tres meses bajo condiciones de ambiente natural en un lugar fresco, seco y ventilado. La pérdida de peso durante el primer mes de almacenamiento de la calabaza se estima en aproximadamente un 5%, pero el sabor, color y consistencia de la pulpa mejoran marcadamente. Durante ese primer mes de almacenamiento, la conversión de almidón a azúcar continúa y el contenido de β-caroteno puede mejorar.
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